Den Gelehrten der Frühen Neuzeit war bewusst, dass ihr Briefwechsel über seine unmittelbaren Zwecke hinaus von Interesse war. Briefe wurden gesammelt, geordnet und aufbewahrt, um die in ihnen enthaltenen Informationen für den weiteren Gebrauch zu archivieren, oft aber auch mit der Perspektive einer Veröffentlichung. Vom 16. bis zum 18. Jahrhundert erschienen zahlreiche Sammlungen von Gelehrtenbriefen; viele Briefe wurden schon im Gedanken an eine künftige Drucklegung geschrieben.

Die Brüder Pez bewahrten beträchtliche Teile der von ihnen erhaltenen Briefe auf. Für den Bereich ihrer Korrespondenz, der gelehrte Forschungen und literarische Projekte betraf, dürfte der erhaltene Bestand recht vollständig, wenn auch keineswegs lückenlos sein. Andere Sorten von Briefen – etwa die Korrespondenz der Brüder als Bibliothekare mit Buchhändlern oder die zwischen Melk und dem Wiener Melkerhof ausgetauschten Nachrichten – haben sich nur in seltenen Fällen erhalten; hier wurde vermutlich das meiste gar nicht langfristig aufbewahrt.

Im 18. und 19. Jahrhundert wurde wiederholt versucht, den Briefnachlass der Brüder zu ordnen. Im späten 19. Jahrhundert ließ P. Eduard Katschthaler im Zuge der Forschungen zu seiner bis heute zentralen Veröffentlichung über die Pez-Briefe den Großteil derselben zu drei starken Folianten binden, die im Stiftsarchiv Melk verwahrt werden. Mit etwa 900 Briefen machen sie den Löwenanteil der erhaltenen Korrespondenz aus. Doch finden sich mehr als 100 weitere Briefe teils lose in den Nachlassbeständen, teils in Handschriften der Stiftsbibliothek.

Die aktive Korrespondenz der Brüder ist demgegenüber nur zu einem geringen Teil erhalten. Für vier wichtige Briefwechsel Bernhards liegen seine Briefe in größerer Zahl vor: jene an den Mauriner René Massuet (heute in der Pariser Nationalbibliothek), an Johann Georg Eckhart (in Hannover), an Moritz Müller (in Einsiedeln und St. Gallen) sowie an Johann Friedrich Schannat (in Prag). In kleiner Zahl oder einzeln finden sich Pez-Briefe unter anderem in München, Kopenhagen, Metz, Rovereto oder Modena. Mit dem Auftauchen weiterer einzelner Briefe ist durchaus zu rechnen.

Mit den Briefen wurden vielfach Beilagen versendet: handschriftliche Ausarbeitungen und Verzeichnisse, Druckwerke, Kupferstiche, auch Briefe von Dritten wurden weitergegeben. Der Melker Pez-Nachlass, der insgesamt etwa 15 Archivkartons und an die 50 Codices umfasst, besteht neben Notizen der Brüder zum erheblichen Teil aus solchen Briefbeilagen. Dieses Material enthält vielfältige interessante Angaben unter anderem über die Handschriftenbestände zahlreicher, teils heute zerstreuter Bibliotheken. Da es den Rahmen der Korrespondenz-Edition sprengen würde, wird es in den kommenden Jahren digitalisiert und erschlossen, um als Bilddatenbank online zugänglich gemacht zu werden.